流感病毒在病毒分类学上属正粘病毒科(Orthomyxoviridae)。它的基因组是分节段的(甲，乙型毒株含8个节段，而丙型仅含7个节段，少一个编码神经氨酸酶蛋白的节段)，单链，负链的RNA。甲，乙型毒株基因组至少分别编码10和11种蛋白。由于基因组是分节段的，故易产生同型不同株间基因重配。流感病毒，尤其人甲型流感病毒HA基因能经常不断的发生点突变，导致其编码的HA蛋白分子上氨基酸序列发生替换，造成其抗原性经常不断的发生漂移，每次抗原性漂移常带来不同程度的流感流行。

　　根据病毒粒核蛋白(NP)和膜蛋白(MP)抗原特性及其基因特性不同，把流感病毒分为甲，乙，丙三型。甲型流感病毒根据其表面血凝素(H)和神经氨酸酶(N)蛋白结构及其基因特性又可分成许多亚型，至今甲型流感病毒已发现的血凝素有15个亚型(H1-15)，神经氨酸酶有9个亚型(N1-9)。

　　甲型流感病毒命名法可用下列公式表示之：型别/宿主/分离地点/毒株序号(指采样时标本号)/分离年代(血凝素和神经氨酸酶亚型)，如A/马/黑龙江/1/98(H3N8)。但写宿主时须注意以下三点：如宿主是人就不必写出，如A/京科/1/68(H3N2);如宿主为非生命物质就得写出非生命物质名称，如湖水等;从动物中首次分离到或分离到新类型的流感病毒，在第一篇文章中宿主名称须写出拉丁双字分类和通俗名称，而后文章中只写种的共同名称既可，如针尾鸭，在第一篇文章中写Anas acufa(Pintail duck), 而后写Duck就可以了 。

　　乙型和丙型流感病毒命名法和甲型流感病毒的相同，但无亚型划分。如 B/京科/26/58，C/猪/京科/32/81 。

　　基因重配株命名法：需在毒株名称后面加上一个“R”(Reassortment) 字，如A/津防/78/77(H)-京科/1/68(N2)?R, 表明重配株的H来A/津防/78/77，而N来自A/京科/1/68毒株。同时还规定，H来源写在前，N来源写在后。