本病病原为微小核糖核酸病毒科中的新型肠道病毒70型(enterovirus 70, EV70)或柯萨奇病毒A24型变种(Coxsakie virus A24 ，CA24v)。两种病毒形态相同，皆为球形，直径20～30nm。蛋白质衣壳呈立体对称二十面体，有32个子粒，无外膜。基因组为单股正链RNA，在宿主细胞胞浆内繁殖复制。病毒耐酸、耐乙醚，对一般常用消毒剂、脂溶剂抵抗，对紫外线、氧化剂、高温干燥敏感。临床诊疗中用75%酒精消毒是最可靠的消毒方法。肠道病毒70型具有其它肠道病毒的理化性质，但不能被其它各种肠道病毒免疫血清中和。对乳鼠不致病，接种猴丘脑、脊髓致动物下肢瘫痪。对羟苄唑〔HBB〕敏感。常发生抗原变异。可在HeLa细胞、Hep-2细胞、人胚肾细胞、人胚结膜器官培养生长但较难分离。世界范围急性出血性结膜炎流行地区分离出的病毒常为EV70。CA24v腹腔或/和脑内接种乳鼠致迟缓性瘫痪。耐HBB。可在HeLa细胞、人胚肺二倍体细胞、羊膜细胞、猴肾、人胚肾细胞、Hep-2细胞等多种细胞内生长，出现细胞病变，容易分离。亚洲地区急性出血性结膜炎流行分离的病毒以CA24v为多。EV70和CA24v两种病毒引起的急性出血性结膜炎临床表现基本相同，两者不能区别。我国历次急性出血性结膜炎流行中各地区也都分离出EV70或CA24v，或两种病毒同时流行感染。